El colegio cuenta con el Programa Musical Instrumental. Integrar esta orquesta es un honor y un compromiso; implica formar parte de una familia, donde el talento musical va de la mano con la autodisciplina, el profesionalismo y el amor por la música. Es importante la perseverancia, paciencia y constancia que implica tocar un instrumento musical. Por lo tanto, las alumnas del Programa Musical Instrumental deberán no solo ser creativas e independientes, sino también poseer las aptitudes humanas que caracterizan a toda villamariana en el cumplimiento de sus deberes y responsabilidades. En determinados grados de estudios, las alumnas reciben clases de música instrumental dentro del curso de Arte.